Paul Ruet
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Paul Ruet Je suis chargé de recherche en mathématiques au CNRS. Je travaille sur la théorie de la démonstration et les réseaux biologiques.

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Publications

• From minimal signed circuits to the dynamics of Boolean regulatory networks, Élisabeth Remy, Paul Ruet (Bioinformatics 24: i220-i226, 2008).
• Spatial differentiation and positive circuits in a discrete framework, Anne Crumière, Paul Ruet (Development of Computational Models, ENTCS 192: 85-100, 2008).
• Graphic requirements for multistability and attractive cycles in a Boolean dynamical framework, Élisabeth Remy, Paul Ruet, Denis Thieffry (Advances in Applied Mathematics 41(3): 335-350, 2008).
• Cyclic extensions of order varieties, Pierre Ille, Paul Ruet (Foundations of Informatics, Computing and Software, ENTCS 212: 119-132, 2008).
• On differentiation and homeostatic behaviours of Boolean dynamical systems, Élisabeth Remy, Paul Ruet (Transactions on Computational Systems Biology VIII, Springer LNCS 4780: 92-101, 2007).
• Non-commutative proof construction: a constraint-based approach, Jean-Marc Andreoli, Roberto Maieli, Paul Ruet (Annals of Pure and Applied Logic 142(1-3): 212-244, 2006).
• Positive or negative regulatory circuit inference from multilevel dynamics, Élisabeth Remy, Paul Ruet, Denis Thieffry (Positive Systems: Theory and Applications, Springer LNCIS 341: 263-270, 2006).
• From logical regulatory graphs to standard Petri nets: dynamical roles and functionality of feedback circuits, Élisabeth Remy, Paul Ruet, Luis Mendoza, Denis Thieffry, Claudine Chaouiya (Transactions on Computational Systems Biology VII, Springer LNCS 4230: 56-72, 2006).
• Permutative logic, Jean-Marc Andreoli, Gabriele Pulcini, Paul Ruet (Computer Science Logic, Springer LNCS 3634: 184-199, 2005).
• Linear logic in computer science, édité par Thomas Ehrhard, Jean-Yves Girard, Paul Ruet, Phil Scott (London Mathematical Society Lecture Note Series 316, Cambridge U. P., 2004).
• Qualitative modelling of genetic networks: from logical regulatory graphs to standard Petri nets, Claudine Chaouiya, Élisabeth Remy, Paul Ruet, Denis Thieffry (Application and Theory of Petri Nets, Springer LNCS 3099: 137-156, 2004).
• Non-commutative logic III: focusing proofs, Roberto Maieli, Paul Ruet (Information and Computation 185(2): 233-262, 2003).
• Entropic Hopf algebras and models of non-commutative logic, Rick Blute, François Lamarche, Paul Ruet (Theory and Applications of Categories 10(17): 424-460, 2002).
• Self-adjoint negation, Paul Ruet (Prépublication IML 2002-23, 2001).
• Linear concurrent constraint programming: operational and phase semantics, François Fages, Paul Ruet, Sylvain Soliman (Information and Computation 165(1): 14-41, 2001).
• Non-commutative logic II: sequent calculus and phase semantics, Paul Ruet (Mathematical Structures in Computer Science 10(2): 277-312, 2000).
• Non-commutative logic I: the multiplicative fragment, V. Michele Abrusci, Paul Ruet (Annals of Pure and Applied Logic 101(1): 29-64, 2000).
• Phase semantics and verification of concurrent constraint programs, François Fages, Paul Ruet, Sylvain Soliman (Logic in Computer Science, IEEE, 1998).
• Concurrent constraint programming and non-commutative logic, Paul Ruet, François Fages (Computer Science Logic 1997, Springer LNCS 1414: 406-423, 1998).
• Combining explicit negation and negation by failure via Belnap's logic, Paul Ruet, François Fages (Theoretical Computer Science 171: 61-75, 1997).
• Non-commutative linear logic with mobilities, Paul Ruet (Bulletin of Symbolic Logic 3(2): 274-275, 1997).
• Logique non-commutative et programmation concurrente par contraintes, Paul Ruet (Thèse de doctorat, Université Paris 7, LIENS-97-18, 1997).
• Logical semantics of concurrent constraint programming, Paul Ruet (Constraint Programming, Springer LNCS 1118: 397-409, 1996).

Encadrement et enseignement

J'ai dirigé la thèse de doctorat d'Anne Crumière et co-dirigé celles de Claudia Faggian et Gabriele Pulcini. J'enseigne en 2ème année de Master Recherche MDFI; le polycopié est téléchargeable au format pdf. De 2001 à 2004, j'ai été responsable du DEA MDFI.

Colloques organisés ou invités

Modelling complex biological systems in the context of genomics, La Colle sur Loup, 30 mars - 3 avril 2009.
Circuits, differentiation and homeostasis in genetic regulatory networks, Okinawa, 4 février 2009.
Modèles discrets de réseaux biologiques : de la structure à la dynamique, Marseille, 3 - 7 novembre 2008.
From biology to concurrency and back, Reykjavik, 12 juillet 2008.
Modèles mathématiques en biologie et en médecine, Lyon, 19 - 22 juin 2007.
Réseaux d'interaction: analyse, modélisation et simulation, Lyon, 29 novembre 2006.
Dynamics and structure of biological networks, Marseille, 14 - 17 février 2006.
Non-commutative logic, Frascati, 10 - 12 avril 1999.

Projets

Je suis membre des ANR SOAPDC (structures d'ordre et applications au calcul parallèle, distribué, et concurrent) et MAREBIO (mathématiques des réseaux biologiques). J'ai été membre du TMR LINEAR, de l'ACI GEOCAL et de l'ARC MOCA (modularité, compositionalité et abstraction dans les réseaux géniques et protéiques), et responsable du réseau de formation doctorale en logique mathématique et informatique théorique de l'Université Franco-Italienne (programmes VINCI 2001 UFI201HEMS et 2002 UFI2F2YT2F).