Publications de A. Guénoche

    2012

  1. E. Becker, B. Robisson, C. Chapple, A. Guénoche and C. Brun.
    Multifunctional Proteins Revealed by Overlapping Clustering in Protein Interaction Network,
    Bioinformatics, 28, 1, 84-90.
  2. A. Guénoche.
    Sur le consensus en catégorisation libre,
    Math. Sci. Hum, to appear
  3. 2011

  4. P. Gambette, Alain Guénoche.
    Bootstrap Clustering for Graph Partitioning,
    RAIRO, 45, 4, 339-352.
  5. A. Guénoche.
    Making Decisions in Multi Clustering,
    International Conference in Algorithmic Decision Theory, Rutger University, R.I. Brafman, F. Roberts, and A. Tsoukiàs (Eds.), ADT 2011, LNAI 6992, Springer, 82-95.
  6. A. Guénoche.
    Distances in graph partitioning,
    Graph Partitioning, C.E. Bichot & P. Siarry (Eds.), ISTE-Wiley, 275-296.
  7. J.-B. Angelelli, A. Guénoche, L. Reboul
    Detection of disjoint or overlapping communities in networks,
    Graph Partitioning, C.E. Bichot & P. Siarry (Eds.), ISTE-Wiley, 297-314.
  8. P. Darlu, A. Guénoche.
    The TreeOfTrees method to evaluate the congruence between gene trees,
    Journal of Classification, 28(3), 290-403, 2011
  9. Alain Guénoche
    Consensus of partitions : a constructive approach,
    Advances in Data Analysis and Classification, 5, 3 (2011) 215-229. 2011. [DOI]

  10. 2010

  11. Alain Guénoche.
    Distances pour le partitionnement de graphes,
    Partitionnement de Graphe, C.E. Bichot & P. Siarry (Eds.), Hermes, 2010.
  12. Jean-Baptiste Angelelli, Alain Guénoche, Laurence Reboul.
    Détection de communautés, disjointes ou chevauchantes, dans les réseaux,
    Partitionnement de Graphe, C.E. Bichot & P. Siarry (Eds.), Hermes, 2010.
  13. Frédéric Guyon, Alain Guénoche.
    Alignment free string distances for phylogeny,
    Proceedings of IFCS'09, H. Locarek-Junge & C. Weihs (Eds.), Classification as a Tool for Research, Springer, p. 15-24, 2010. [DOI]
  14. A. Guénoche, H. Garreta, L. Tichit.
    About the largest subtree common to several phylogenetic trees,
    Mathématiques et Sciences Humaines 190(2):5-14, 2010.

  15. 2009

  16. F. Guyon, C. Brochier-Armanet, A. Guénoche.
    Comparison of alignment free string distances for complete genome phylogeny,
    Advances in Data Analysis and Classification 3:95-108, 2009. [DOI]
  17. E. Becker, A. Guénoche, C. Brun
    Système de classes chevauchantes pour la recherche de protéines multifonctionnelles,
    JOBIM'09, E. Rivals & I. Rusu (Eds.), p. 49–54, 2009.

  18. 2008

  19. J.-B. Angelelli, A. Baudot, C. Brun, A. Guénoche.
    Two local dissimilarity measures for weighted graphs with application to protein interaction networks,
    Advances in Data Analysis and Classification 2(1):3-16, 2008. [DOI]
  20. A. Guénoche.
    Comparison of algorithms in graph partitioning,
    RAIRO - Operations Research 42(4):469-484, 2008. [DOI]
  21. Anaïs Baudot, Jean-Baptiste Angelelli, Alain Guénoche, Bernard Jacq, Christine Brun.
    Defining a Modular Signalling Network from the Fly Interactome,
    BMC Systems Biology 2(1):45, 2008. [DOI]
  22. Frédéric Guyon, Alain Guénoche.
    Comparing bacterial genomes from linear orders of patterns,
    Discrete Applied Mathematics 156(8):1251-1262, 2008. [DOI]

  23. 2007

  24. Tristan Colombo, Alain Guénoche.
    Looking for high density zones in a graph,
    Selected contributions in data analysis and classification, p. 193-201, Stud. Classification Data Anal. Knowledge Organ., Springer, Berlin, 2007. [DOI]
  25. Frédéric Guyon, Alain Guénoche.
    An evolutionary distance based on maximal unique matches,
    ASMDA'07, Communications in Statistics - Theory and Methods, 39(3):385-397, 2010. [DOI]

  26. 2006

  27. Anaïs Baudot, David Martin, Pierre Mouren, François Chevenet, Alain Guénoche, Bernard Jacq, Christine Brun.
    PRODISTIN Web Site: a tool for the functional classification of proteins from interaction networks,
    Bioinformatics 22(2):248-250, 2006. [DOI]
  28. Irène Charon, Lucile Denoeud, Alain Guénoche, Olivier Hudry.
    Maximum transfer distance between partitions,
    Journal of Classification 23(1):103-121, 2006. [DOI]
  29. Lucile Denoeud, Alain Guénoche.
    Comparison of distance indices between partitions,
    IFCS'06, Data Science and Classification, V. Batagelj et al. (Eds.), Springer, p. 21-28, 2006. [DOI]

  30. 2005

  31. Alain Guénoche.
    About the design of oligo-chips,
    Discrete Applied Mathematics 147:57-67, 2005 [DOI].
  32. L. Denoeud, I. Charon, A. Guénoche, O. Hudry.
    Classes empiétantes dans un graphe et application aux interactions entre protéines,Actes du colloque de la ROADEF J.C. Billaut et C. Esswein (Eds.), Presses Universitaires F. Rabelais, 393-408, 2005.
  33. Alain Guénoche.
    Comparing recent methods in graph partitioning,
    Electronic Notes in Discrete Mathematics 22:83-89, 2005 [DOI].

  34. 2004

  35. Christine Brun, Carl Herrmann, Alain Guénoche.
    Clustering proteins from interaction networks for the prediction of cellular functions,
    BMC Bioinformatics 5:95, 2004 [DOI].
  36. Alain Guénoche.
    Supersequences of Masks for Oligo-chips,
    Journal of Bioinformatics and Computational Biology 2(3):459-469, 2004, [DOI].
  37. Alain Guénoche.
    Clustering by vertex density in a graph,
    IFCS'04. Classification, Clustering and Data Mining, D. Banks et al. (Eds.), Springer, p. 15-23, 2004. [DOI]
  38. Alain Guénoche, Bruno Leclerc, Makarenkov Vladimir.
    On the extension of a partial metric to a tree metric,
    Discrete Mathematics 276(1-3):229-248, 2004 [DOI].

  39. 2003

  40. Alain Guénoche.
    Partitions optimisées selon différents critères : évaluation et comparaison [Partitions optimized according to different criteria: evaluation and comparison],
    Mathématiques et Sciences Humaines 161:41-58, 2003.
  41. Christine Brun, François Chevenet, David Martin, Jérôme Wojcik, Alain Guénoche, Bernard Jacq.
    Functional classification of proteins for the prediction of cellular function from a protein-protein interaction network,
    Genome Biology 5(1):R6, 2003. [DOI]
  42. Christine Brun, Alain Guénoche, Bernard Jacq.
    Approach of the functional evolution of duplicated genes in Saccharomyces cerevisiae using a new classification method based on protein-protein interaction data,
    Journal of Structural and Functional Genomics 3(1-4):213-224, 2003. [DOI]

  43. 2002

  44. Alain Guénoche, Henri Garreta.
    Representation and evaluation of partitions,
    IFCS'02, Classification, clustering, and data analysis, p. 131-138, Springer, 2002.

  45. 2001

  46. Alain Guénoche, Bruno Leclerc.
    The triangles method to build X-trees from incomplete distance matrices,
    ROADEF'99. RAIRO - Operations Research 35(2):283-300, 2001. [DOI]
  47. Alain Guénoche, Henri Garreta.
    Can we have confidence in a tree representation ?,
    JOBIM'00, Lecture Notes in Computer Sciences 2066:43-53, 2001. [DOI]

  48. 2000

  49. Alain Guénoche, Stéphane Grandcolas.
    Estimating missing values in tree distances,
    IFCS'00, Data Analysis, Classification and Related Methods, H.A.L. Kiers et al. (Eds.), Springer, p. 143-148, 2000.
  50. Alain Guénoche, Bruno Leclerc, Vladimir Makarenkov.
    Generalized trees related with tree metrics,
    Electronic Notes in Discrete Mathematics 5:152-154, 2000 [DOI].

  51. 1999

  52. Alain Guénoche, Stéphane Grandcolas.
    Approximations par arbre d'une distance partielle [Tree adjustments for partial distances],
    Mathématiques et Sciences Humaines 146:51-64, 1999.

  53. 1998

  54. Olivier Gascuel, Bernadette Bouchon-Meunier, Gilles Caraux, Patrick Gallinari, Alain Guénoche, Yann Guermeur, Yves Lechevallier, Christophe Marsala, Laurent Miclet, Jacques Nicolas, Richard Nock, Mohammed Ramdani, Michèle Sebag, Basavanneppa Tallur, Gilles Venturini, Patrick Vitte.
    Twelve Numerical, Symbolic and Hybrid Supervised Classification Methods,
    International Journal of Pattern Recognition and Artificial Intelligence 12(5):517-571, 1998. [DOI]
  55. Alain Guénoche.
    Ordinal properties of tree distances,
    Discrete Mathematics 192(1-3):103-117, 1998. [DOI]

  56. 1997

  57. Alain Guénoche.
    Order distances in tree reconstruction,
    Mathematical hierarchies and biology, p. 171-182, 1997.
  58. Irène Charon, Alain Guénoche, Olivier Hudry, Frédéric Woirgard
    New results on the computation of median orders,
    Discrete Mathematics 165/166:139-153 1997. [DOI]
  59. Alain Guénoche.
    Order distance associated with a hierarchy,
    Journal of Classification 14(1):101-115, 1997. [DOI]

  60. 1996

  61. François Bonnot, Alain Guénoche, Xavier Perrier
    Properties of an order distance associated to a tree distance,
    OSDA'95, Ordinal and symbolic data analysis, E. Diday et al. (Eds.), Springer-Verlag, p. 252-261, 1996.
  62. Alain Guénoche.
    Vainqueurs de Kemeny et tournois difficiles [Kemeny winners and hard tournaments],
    Mathématiques et Sciences Humaines 133:57-65, 1996.

  63. 1995

  64. Alain Guénoche, Patrick Vitte
    Plus longue sous-séquence commune à  plusieurs chaînes : Méthodes exactes et approchées [Longest common subsequence and analysis of biological sequences: exact and approximate methods],
    Technique et Science Informatiques 14(7):897-915, 1995.
  65. Alain Guénoche.
    How to choose according to partial evaluations,
    IPMU'94, Advances in intelligent computing, B. Bouchon-Meunier, R.R. Yager, L.A. Zadeh (Eds.), Lecture Notes in Computer Science 945, Springer-Verlag, p. 611-618, 1995. [DOI]

  66. 1994

  67. A. Guénoche, B. Riboud, J.B. Denis.
    Selecting varieties using a series of trials and a combinatorial ordering method,
    Agronomie, 14, 1994, pp. 363-375.

  68. 1993

  69. Alain Guénoche.
    Spanning trees and average linkage clustering,
    IFCS'93, New Approaches in Classification and Data Analysis, E. Diday et al. (Eds.), Springer-Verlag, p. 119-128, 1994.
  70. Alain Guénoche and Iven Van Mechelen
    Galois approach to the induction of concepts,
    Categories and concepts : Theoretical views and inductive data analysis, R. Michalski et al. (Eds.), Academic Press, p. 287-308, 1993.
  71. Alain Guénoche.
    Alignment and hierarchical clustering method for strings,
    Information and Classification, O. Opitz, B. Lausen, R Klar (Eds.), Springer-Verlag, p. 403-412, 1993.
  72. Alain Guénoche.
    énumération des partitions de diamètre minimum [Enumeration of partitions with minimum diameter],
    Discrete Mathetmatics 111(1-3):277-287, 1993. [DOI]
  73. Alain Guénoche.
    Hiérarchies conceptuelles de données binaires [Conceptual clustering of binary attributes],
    Mathématiques et Sciences Humaines 121:23-34, 1993.

  74. 1992

  75. Alain Guénoche.
    Can we recover a sequence, just knowing all its words of given length ?,
    Computer Applications in the Biosciences, 8(6):569-574, 1992. [DOI]

  76. 1991

  77. Alain Guénoche, Pierre Hansen, Brigitte Jaumard
    Efficient algorithms for divisive hierarchical clustering with the diameter criterion,
    Journal of Classification 8(1):5-30 1991 [DOI].
  78. Jean-Pierre Barthélemy, Alain Guénoche.
    Trees and proximity representations (translated from the French by Gregor Lawden),
    Wiley-Interscience Series in Discrete Mathematics and Optimization. John Wiley & Sons, Ltd., Chichester, xvi+238 pp. ISBN: 0-471-92263-3, 1991.
  79. A. Guénoche
    Méthodes pour la construction de fonctions complètes et consistantes,
    in Induction Symbolique et Numérique à  partir de Données, E. Diday & Y Kodratoff (Eds.), Cepadues, Toulouse, pp. 435-460.
  80. A. Guénoche
    Optimization in Conceptual Clustering,
    Proceedings of the 5th. International Symposium on Applied Stochastic Models and Data Analysis, R. Gutiérrez, M. Valderrama (Eds.), World Scientific, pp. 302-314.

  81. 1990

  82. Alain Guénoche.
    Construction du treillis de Galois d'une relation binaire [Construction of the Galois lattice of a binary relation],
    Mathématiques et Sciences Humaines 109:41-53, 1990.
  83. Alain Guénoche.
    Counting and selecting at random bipartite graphs with fixed degrees,
    RAIRO - Operations Research 24(1):1-14, 1990.
  84. O. Gascuel, A. Guénoche
    Approche Symbolique-Numérique en Apprentissage,
    Actes des Journées du P.R.C.-G.D.R. I.A., B. Bouchon-Meunier (Ed.), Hermes, Paris, pp. 91-112.

  85. 1989

  86. Jean-Pierre Barthélemy, Alain Guénoche, Olivier Hudry.
    Median linear orders: heuristics and a branch and bound algorithm,
    European Journal of Operational Research 42(3):313-325, 1989. [DOI]
  87. Alain Guénoche.
    Generalization and conceptual classification: indices and algorithm,
    Data Analysis, Learning Symbolic and Numeric knowledge, E. Diday (Ed.), Nova Science Publishers, New York, p. 503-510, 1989.

  88. 1988

  89. Jean-Pierre Barthélemy, Alain Guénoche.
    Les arbres et les représentations des proximités,
    Collection "Méthodes et Programmes", Masson, Paris, 240 p., 1988.
  90. Alain Guénoche.
    Méthodes combinatoires de sériation à  partir d'une dissimilarité [Combinatorial seriation methods starting with a dissimilarity],
    Data analysis and informatics 1997, p. 119-127, North-Holland, Amsterdam-New York, 1988.

  91. 1987

  92. Alain Guénoche, Bernard Monjardet.
    Méthodes ordinales et combinatoires en analyse des données [Ordinal and combinatorial methods in data analysis],
    Mathématiques et Sciences Humaines 100:5-47, 1987.
  93. Alain Guénoche.
    Cinq algorithmes d'approximation d'une dissimilarité par des arbres à distances additives [Five algorithms of dissimilarity approximation by additive trees],
    Mathématiques et Sciences Humaines 98:21-40, 1987.

  94. 1986

  95. Alain Guénoche.
    Graphical representation of a boolean array,
    Computers and the Humanities 20:277-281, 1986. [DOI]
  96. Alain Guénoche.
    Représentations arborées des classifications,
    RAIRO - Recherche Opérationnelle 20(4):341-354, 1986.
  97. Alain Guénoche.
    Fonctions booléennes sur un tableau en 0/1 [Boolean functions on a table in 0/1],
    Data analysis and informatics, 443-451, North-Holland, Amsterdam-New York, 1986.

  98. 1985

  99. Alain Guénoche.
    Méthodes d'induction dans les bases de données,
    RIAO'85, p. 403-414, 1985.
  100. Alain Guénoche.
    Classification using dilemma functions,
    Computational Statistics Quarterly 2(1):103-108, 1985.

  101. 1983

  102. Alain Guénoche, Antoinette Hesnard.
    Typologie d'amphores romaines par une méthode logique de classification,
    Computers and the Humanities 17(4):185-198, 1983. [DOI]
  103. Alain Guénoche.
    Random spanning tree,
    Journal of Algorithms 4(3):214-220, 1983. [DOI]

  104. 1980

  105. Alain Guénoche.
    Logiciel et matériel de saisie de caractères pour l'édition de textes idéographiques,
    Actes du congrès AFCET Informatique "Logiciel et matériel, applications et implications", Nancy, p.395-403, 1980.

  106. 1979

  107. Alain Guénoche.
    Enumération de classes de permutations,
    RAIRO - Recherche Opérationnelle 13(4):379-390, 1979.
  108. Alain Guénoche, Jacques Virbel.
    L'interrogation des banques de données en langage naturel dans une démarche cognitive complexe,
    Information Processing & Management 15(1):33-46, 1979. [DOI]
  109. Alain Guénoche.
    Enumération des tableaux standards,
    Discrete Mathematics 25(3):257-267, 1979. [DOI]

  110. 1978

  111. Wenceslas Fernandez de la Vega, A. Guénoche
    Génération de partitions aléatoires uniformément distribuées
    Actes du colloque AFCET-SMF de Mathématiques appliquées, Ecole Polytechnique, 1978, pp. 285-291.
  112. A. Guénoche, R. Trémolières
    Dénombrement et énumération de classes de compositions, invariantes par permutations circulaires et symétriques
    Actes du colloque AFCET-SMF de Mathématiques appliquées, Ecole polytechnique, 1978, 313-323.

  113. 1977

  114. Alain Guénoche.
    Un algorithme pour pallier l'effet Condorcet,
    RAIRO - Recherche Opérationnelle 11(1):77-83, 1977.
  115. Wenceslas Fernandez de la Vega, Alain Guénoche.
    Construction de mots circulaires aléatoires uniformément distribués,
    Mathématiques et Sciences Humaines 58:25-29, 1977.
  116. A. Guénoche, Peter Him
    Analyse en composantes principales et analyse discriminante dans le cas de données incomplètes,
    in Raisonnement et méthodes mathématiques de l'archéologie, M. Borillo et al. (Eds.), CNRS, 1977, pp. 131-138.
  117. A. Guénoche
    Analyse et Validation du Raisonnement en Oeuvre dans les Etudes Sociales, Projet AVEROES
    in Le traitement automatisé de l'image, F. Levy (Ed.), La Documentation Française, 33-34, 1977, pp. 133-152.

  118. 1976

  119. A. Guénoche
    Présentation d'un système de traitements documentaires et statistiques Strades,
    Actes du congrès AFCET "Panorama de la nouveauté informatique en France", 1976, pp. 181-190.

  120. 1974

  121. A. Guénoche, A. Tchernia
    Essai de construction d'un modèle descriptif des amphores Dressel 20,
    Actes du colloque "Méthodes classiques et méthodes formelles dans l'étude des amphores", Ecole française de Rome, 1974, pp. 241-259.

  122. 1973

  123. Andrée Borillo, Mario Borillo, Louis Bourrelly, Eugène Chouraqui, Wenceslas Fernandez de la Vega, Alain Guénoche, Antoinette Hesnard, Joëlle Tognotti, Jacques Virbel.
    Description des outils (mathématiques, linguistiques et informatiques) impliqués par la construction d'une chaîne automatique integrée de traitement de l'information textuelle et graphique,
    Information Storage and Retrieval 9(10):527-560, 1973. [DOI]