Institut de Mathématiques de Luminy

SÉMINAIRES
Mathématiques Appliquées à la Génomique
Modèles et Algorithmes (MAGMA)
2004

Organisatrices : Brigitte Mossé, Elisabeth Remy
Adresses électroniques : mosse@iml.univ-mrs.fr , remy@iml.univ-mrs.fr

Les séances du séminaire sont prévues les jeudis après-midi à 16h00.
Lieu : amphi de l'Institut de Mathématiques de Luminy (IML) (Bâtiment CNRS, 1er étage).

Sauf modification ponctuelle, MAGMA se tiendra les 2èmes et 4èmes jeudis du mois,
en alternance avec le Club Génomique Fonctionnelle, qui se tiendra quant à lui les 3èmes jeudis du mois.

Planning

jeudi 9 décembre
David Martin (LGPD, Marseille) :
Titre à préciser.

jeudi 2 décembre
Tristan Colombo (IML/LCB, Marseille) :
Algorithmes pour la recherche de classes de gènes en relations fonctionnelles par analyse
   de proximités et de similarités de séquences.

jeudi 25 novembre
Ovidiu Radulescu (Univ. Rennes) :
Information positionnelle et réaction-diffusion
dans l'organisation spatiale.

jeudi 4 novembre
Arnaud Meyroneinc (CPT, Marseille) :
Sur la dynamique du circuit négatif à deux nœuds
(avec interactions à délais).

jeudi 28 octobre
Kalet Leon (Center of Molecular Immunology, Havana, Cuba) :
Modeling tumor growth dynamics in the presence of effector and regulatory T cells.

Annulé : jeudi 23 septembre
Peter Shuster
(Institut fuer Theoretische Chemie und Molekulare Strukturbiologie der Universitaet Wien, Austria) :
RNA Sequences and structures.
From theory to real molecules.

Jeudi 10 Juin
JOURNÉE THÉMATIQUE MAGMA
Autour de la programmation par contraintes
pour la modélisation et la simulation de systèmes biologiques.

Intervenants :
Alexander Bockmayr (LORIA, Nancy, équipe MODBIO)
Alain Colmerauer (LIF Marseille, équipe Logique et Complexité)
François Fages (INRIA Rocquencourt projet "Contraintes")

jeudi 13 mai
O. Bernard (INRIA, Sophia-Antipolis) :
Identification de réseaux réactionnels pour des bioprocédés : détermination de la matrice de pseudo-rendements.

jeudi 22 avril
S. Bérard (LIRMM, Montpellier) :
Comparaison de séquences répétées en tandem et application à la génétique.

jeudi 8 avril
P. Boutruche et S. Graziani (ISoft, Gif sur Yvette) :
AMADEA BIOPACK, une approche originale à l'intégration des traitements et des données pour l'expérimentation biologique.

vendredi 26 mars
B. Cazelles :
Titre à préciser.

jeudi 25 mars
J. Reinitz
(Department of Applied Mathematics and Statistics, Center for Developmental Genetic, Stony Brook University, NY)
:
Systems Biology of Drosophila Segmentation.

jeudi 18 mars
E. Pécou (Institut de Mathématiques de Bourgogne, Dijon) :
Dynamique de la régulation génétique des voies métaboliques.

Jeudi 19 Février
C. de la Roche Saint-André (LISM-UPR9027, Marseille) :
Points de contrôle du cycle cellulaire et stabilité génétique :
de la levure à l'homme.

jeudi 12 février
D. Aurelle (Laboratoire DIMAR, Centre d'Océanologie de Marseille) :
Introduction à la génétique des populations.

jeudi 5 février
L. Mendoza (Serono Pharmaceutical Research Institute, Geneve, Switzerland) :
A model of the regulatory network that controls the differentiation of Th cells.

jeudi 22 janvier
A. Grossmann et C. Devauchelle (LGI, Evry) :
Classification de protéines à partir d'une méthode de rang (Apresjan): l'Arlésienne 3.

Résumé : Nous avons développé au Laboratoire Génome et Informatique (Evry) une nouvelle méthode pour associer une topologie d'arbre enraciné à une matrice arbitraire de "distances" ou de scores. L'idée principale est de remplacer la matrice de départ par une matrice de rangs (avec une gestion un peu particulière des ex-aequos). Mais cette simplification génère une classification trop "pauvre" (nombre de partitions dans la hiérarchie trop faible - seuls les groupes des individus les plus proches sont retrouvés). Pour pallier à cet inconvénient nous avons recourt à un procédé itératif qui "enrichit" la classification. Ensuite, grâce à une stratégie "diviser pour régner", nous construisons une hiérarchie qui après visualisation sous forme d'arbre UPGMA ou NJ donne des résultats encourageants pour des distances évolutives calculées sur des lots de protéines codées par le génome mitochondrial de métazoaires. Après une description imagée de la méthode nous nous attacherons à montrer quelques résultats biologiques obtenus et à les comparer avec ceux obtenus par des algorithmes standards. (Travail en collaboration avec Alex Grossmann).

jeudi 8 janvier
L. Calzone (Department of Biology, Virginia Polytechnic Institute and State University, Blacksburg Virginia 24061-0406, USA) :
Temporal organization of the budding yeast cell cycle.

Abstract : A great amount of information on the molecular mechanisms controlling cell cycle progression in eukaryotes has been obtained from studies of budding yeast and fission yeast cells, frog eggs and mammalian cells in culture. These mechanisms are complex networks involving protein synthesis and degradation and post-translational modifications. Translating the mechanisms into mathematical models helps to provide a rigorous and in-depth understanding of the regulatory events leading to cell division. Using budding yeast as an example, the aim of this talk is to show how computational biology can help understand the molecular mechanisms underlying the physiology of living cells.
The budding yeast cell cycle is governed by a complex network of chemical reactions controlling the activity of the cyclin-dependent kinases (CDKs), proteins that drive the major events of the cell cycle. The presence of these proteins is required for the transition from G1 to S phase (Start) whereas their absence permits the transition from S/M to G1 phase (Finish). The cell cycle of budding yeast is based on alternation between these two states. To test the accuracy of this theory against experiments, we built a hypothetical molecular mechanism of the budding yeast cell cycle and transcribed it into differential equations. With a proper choice of kinetic parameters, the differential equations reproduce the main events of the cell cycle. Simulations of the wild type strain and more than 100 mutants showed phenotypes in accordance with experimental observations. Some mutants defective in the Start and Finish transitions and the different ways to rescue them will be presented.

 

EL, le 29 novembre 2004